上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
《黑客帝国1》还比较容易看懂，《黑客帝国2》《黑客帝国3》就很深奥了。 造物主（Architect）负责维持母体的平衡，先知则负责引导母体中的人们觉醒。 两个人的共同作用下，母体中的人类社会稳定进化，机器人也从中吸取经验。 这也是机器人“种植”人类的终极目的，并不仅仅是用人类发电，更是为了学习人类，从而实现进化。 锡安之所以存在，也是机器人故意让它存在。 机器人无法避免母体出现bug（也就是有人觉醒），所以就等他们觉醒、等他们组建反抗军。 机器人每隔一段时间就来一次大清洗，把反抗军歼灭，然后再把母体重启。 这种大清洗已经进行过5次了，这是第6次了。 前5次的结局都是反抗军全军覆没，母体重启，而尼奥的出现让世界首次出现了不同的结局——和平。 人类和机器人互利共生，共同进化。 但是这种和平又能维持多久呢？
出神入化的世界觀設定，人類與機器的永恆鬥爭，統治與反統治的對抗，不管是特效還是劇情走向都是一流的精彩。錫安肉慾橫流的狂歡夜，原來超感獵殺的多人運動是在致敬黑客帝國。而和黑衣人史密斯對打的動作戲真的有如行雲流水般順暢，更別說之後的冷兵器對戰和在高速上驚險的追逐與對決，腎上腺素狂飆大氣不敢喘一口，普通電影中的一個高光時刻在這部影片中比比皆是，牛逼兩個字我已經說累了。
比起上一部打斗成分一下多了很多，反而缺少了很多内涵
第一部故事讲得太优秀太完整了，而且暗地里留了那么多可以延伸的线头，剧组选择了两个：从时间上延伸——救世主不是唯一的，尼奥经历的已是第六次人类补完计划；从空间上延伸——引入锡安和机械城这两个大终端。前者很成功，后者挺失败。全片主旨总结下来，其实只要三段对话就够了：在锡安深夜和议长聊；在院子里和先知聊；最后和建筑师聊。中间打了一个漫长的法国佬副本，匆促、媚俗、无聊。建筑师那段我隔了十几年才看明白：尼奥做出的选择不是「救妹子」，而是通过拒绝背人类补完计划的锅，选择了代表着自由意志的「选择」本身。
真是承上启下。