接續前作“哥吉拉X機械哥吉拉”的故事，一年前與哥吉拉（Godzilla）的決戰，機龍（機械哥吉拉Mechagodzilla）受損程度37%，失去了右腕及終極武器-絕對零度炮。 維修組員中條義人在八王子基地負責修復機龍的工作。某日中條在他叔叔信一的別墅家渡假時，嬰兒島的小美人精靈竟然出現在他們眼前。小美人給他們一個忠告：人類用哥吉拉骸骨製造出機龍是個嚴重的錯誤，如果出動機龍，摩斯拉就會變成人類的敵人。於是信一設法說服老友也是身為總理大臣的五十嵐，希望能中止機龍的計劃。但就在此時，太平洋又出現哥吉拉的影蹤… 2004年是哥吉拉登上大銀幕的50週年，上一部作品“哥吉拉X機械哥吉拉”中，以1954年第一代哥吉拉的骨骸做成的機龍首次登場，與哥吉拉展開熾熱的戰鬥。在這次，哥吉拉同類的戰爭終於接近尾聲。關鍵就在曾經襲擊過東京的摩斯拉與嬰兒島的小美人。一直守護著摩斯...
为了看哥斯拉特地补的。。。凹凸曼即视感太强。。。
摩斯拉一出现，哥斯拉就要被虐
长泽雅美继续出演婴儿岛的小精灵，而且这一部剧情还和60年代的哥斯拉前作有联系，这点也算是少见了，剧情上能做到承前启后这样才算是系列电影嘛。不过可惜的是，除了出现了一下前作的人物，这一部整体剧情依旧还是老一套，依旧没啥创新，依旧每一部不一样的主角。还有就是有几个点剧情里没有解释清楚：为啥不能用机械哥斯拉？用了机械哥斯拉会有什么后果？为啥摩斯拉要帮助人类？为啥用了机械哥斯拉的话摩斯拉就要与人类为敌？而且剧情后面人类也还是启用了机械哥斯拉，但是摩斯拉却还是依旧帮助人类呀？
看着鳞粉用尽的前代摩斯拉与破壳而出的后代双胞胎幼虫，便知本集又是在炒多年前的冷饭了，加入的概念是机龙的不受控，与前集的践踏城市不同，这次的行为偏向理智，抱着被厚茧包覆的哥斯拉，纵身跳入大海，一去不返。
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