以成为神奇宝贝大师为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。关键时刻，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜（北乃きい 配音）、凯宾（岸祐二 配音）帮助了他们，能与神奇宝贝心灵沟通的西娜还熄灭了冥王龙的怒火。从西娜口中得知，创造了世界的神奇宝贝即将苏醒，它不仅会使时空扭曲错乱，还将为世界带来毁灭性的灾难…… 本片为神奇宝贝系列第十二部电影剧场版。
五星献给整个神奥三部曲，从M10空间与时间碰撞的裂缝、到M11反转世界的奇思妙想，再到这部M12为前两部曲做出背景的揭示与故事的延伸，从古至今、从此处到彼方，神奥世界观的精髓都在阿尔宙斯这里实现了浓缩与荟萃。有趣的是，2009年上映的阿尔宙斯的剧场版，里面涉及到古代宝可梦世界的部分，在13年后终于做成了一部完整的游戏——《宝可梦传说：阿尔宙斯》。这么有趣的世界观，不做成游戏真的太可惜了；而做成了游戏之后，效果又出色得超出预期。如果说梦幻的意外出现，是给宝可梦IP带来了起死回生的作用，那么阿尔宙斯的存在，就为25载的宝可梦历史注入了新的生机。
钻石&珍珠三部曲的完结 靠 创世神都出来了 编剧了个去的给力~ 不过神兽拉风就行 我还是比较买账的~~笑
没有很好地处理穿越时空改变历史的必然矛盾，感觉是编剧偷懒了……（或者说它用的是微调历史可以允许的高容错逻辑）火箭队捡到真生命宝珠这条线废掉了。还有神庙守护者里那个男生，以及最初冰镇西瓜那两个孩子。小智在剧场版又差点死一次。不过超级真新镇人不会被这点小事击垮的！刺刺耳皮丘和波加曼太可爱了，加上皮卡丘也努力卖萌，挽回了一些分数。作为时空穿越的故事还是有很多研究的价值的。
剧情纯属扯淡~
三部曲的完结篇，二代御三家出场是点睛之笔。